Yüksek Lisans Adayı: Rumeysa Fayetörbay
EABD: Biyoinformatik
Tarih: 13.01.2020 / 14:00
Yer: A-108
Özet: Hepatosellüler karsinom en ölümcül kanserlerden biridir ve en sık görülen primer karaciğer kanseri türüdür. Multikinaz inhibitörü Sorafenib, hepatosellüler kanser tedavisindeki FDA onaylı hedeflenmiş ajanlardan biridir. PI3K/AKT yolağı primer (birincil) karaciğer kanserinin yaklaşık % 50'sinde değiştirilir, bu yüzden Sorafenib ve PI3K/AKT yolağı inhibitörlerinin sinyal verme seviyesinde nasıl etki ettiğinin anlaşılması, hedefe yönelik terapiler için çok önemlidir ve yan etkilerini (hedef dışı etkiler) ortaya çıkarır. Bu çalışmada biz yedi farklı ilaç/inhibitör ve onların kombinasyonu ile tedavi edilen hepatoselüler karsinom hücrelerinin (Huh7 ve Mahlavu) gen ekspresyon profillerini kullanıyoruz. Amacımız, bir ilaç tedavisindeki önemli hedefleri ve modülatörleri moleküler etkileşimlerin düzensizliğini anlayarak ortaya çıkarmaktır. Başka bir deyişle, biz ilaçların etki mekanizmasını genler listesinin haricinde bir ağ kaynağında araştırıyoruz. Bu amaçla Califano Lab tarafından geliştirilen DeMAND (Ağ bozulmasına dayalı etki mekanizması belirleme) algoritmasını kullanıyoruz. DeMAND, gen ekspresyon profillerini (GEP) karşılaştırır ve STRING veri tabanından elde edilen ağırlıklı interaktomdaki özgün etkileşimlerin değişimini değerlendirir. Sonuç olarak, herbir gen ekpresyon profilinden ilaca özel 18 ağ yeniden oluşturduk. Bu ağlar içindeki her gen ve etkileşimin değeri bu genlerin kimyasal ağ bozulmasından ne kadar fazla etkilendiğini gösterir. Daha sonra, biz her bir ağda zenginleştirilmiş yolaklar bulduk. İlk olarak tek ilaç tedavilerinin ağlarını ve bu ilaçların kombinasyonunu karşılaştırdık; yani Akti-2, Sorafenib ve bunların birleştirilmiş tedavi şeklini. Ardından, tüm ağları eşzamanlı olarak karşılaştırdık. Yeniden yapılandırılmış ağların gen düzeyinde ve yolak seviyesinde eşzamanlı karşılaştırması bize, ilaç tedavilerinde çeşitli yolak ve proteinlerin yaygın olarak etkilendiğini göstermektedir. Öte yandan, bazı yolaklar sadece belirli bir ilaç tedavisinde etkilenir.
