Research News

Ph.D. Thesis
Alperen Taciroğlu, Obscurin ve Trio Protein Ailelerinde Evrimsel Korunum ve Yapısal Analiz Yoluyla Varyant Etki Tahmini

Obscurin ve Trio protein ailelerinin ortak evrimsel kökeni, filogenetik analizler yoluyla tanımlanmış ve omurgalı soyları boyunca gerçekleşmiş yapısal alan takaslama olaylarına işaret etmiştir. Bu bulgular temel alınarak, TrioN-benzeri DH domainleri için yeni bir varyant etkisi tahmin etme aracı olan TrioNsight geliştirilmiştir. Yapısal, evrimsel ve fizyokimyasal özelliklerden yararlanan bu araç, patojenik varyantları ayırt etmede yüksek doğruluk sağlamıştır (MCC: 0.906; 1.0 mükemmel performansı temsil eder). Bu çalışma, temel evrimsel biyoloji ile klinik uygulamaları birleştirerek hem protein ailelerinin evrimine dair mekanistik bulgular hem de işlevsel olarak kritik yapısal alanlarda hastalıkla ilişkili varyantların yorumlanmasına yönelik pratik bir araç sunmaktadır.

Tarih: 30.05.2025 / 10:00 Yer: A-212

M.S. Thesis
Cansu Demir Kartbol, Ürünlerde Talep Değişkenliğinin Etkilerini Azaltmaya Yönelik Bir Tahmin Modeli Geliştirme

Bu tezde, dayanıklı tüketim ürünleri üreten bir firmanın soğutucu ve dondurucu ürünleri için bir tahmin modeli geliştirilmiştir. Ekonomik dalgalanmalar, küresel olaylar ve pazar rekabeti gibi faktörler talep değişkenliğini artırarak tedarik zinciri yönetimini zorlaştırmaktadır. Bu bağlamda, tahmin doğruluğunu artırmak ve tedarik zinciri stratejilerini optimize etmek amacıyla ürün ve ülke gruplamalarını iyileştirmek için çeşitli kümeleme teknikleri kullanılmıştır. Ayrıca, Covid-19 etkisi, ekonomik göstergeler ve stok seviyeleri gibi dışsal faktörler de tahmin modeline dahil edilmiştir.

Tarih: 26.05.2025 / 10:30 Yer: B-116

Ph.D. Thesis
Samet Albayrak, tVNS Nöromudülasyonunun Sindirim Sistemi ve Beyin Sinyalleri Üzerinden Yemek Ödül Döngüsüne Etkilerinin EEG ile İncelenmesi

Kompleks tat algısı ve bağırsak-beyin iletişimi, yeme davranışını etkiler. Vagus siniri (VN), yüksek kalorili gıdalara karşı duyarsızlaşarak aşırı yemeyi tetikleyebilir; bu süreç VN uyarımıyla tersine çevrilebilir. Bu çalışma, çikolatalı milkshake tüketimi sırasında oluşan sinirsel aktivitenin transkütanöz VNS (tVNS) tarafından modüle edilip edilmediğini EEG ile inceledi. Temel bulgular: (1) Gıda alımı sonrası spontan göz kırpma oranları (dopamin göstergesi) arttı, dopaminerjik süreçlerin aktivasyonuna işaret etti. (2) Yutma ile senkronize edilen olayla ilişkili potansiyeller (ERP’ler) yalnızca gıda uyaranı varlığında gözlendi; bu, yudumlama-yutma protokolünün kompleks tat araştırmaları için kullanılabileceğini destekledi. (3) Dinlenme halindeki beyin dalgaları veya ERP’ler üzerinde anlamlı tVNS etkisi bulunmadı, ancak yöntem gıdaya özgü sinirsel tepkileri tespit etti. Bu sonuçlar, protokolün gelecekteki bağırsak-beyin ekseni çalışmaları için kullanışlılığını da desteklemektedir.

Tarih: 14.04.2025 / 14:00 Yer: A-212

M.S. Thesis
Tina Afshar Ghochani, Gelişmiş Veri Analitiği Projelerinde Kültür ve İnsanlarla İlgili Süreçlerin Tanımlanması

Bu tez, Gelişmiş Veri Analitiği (ADA) projelerinin başarısında insanların ve kültürle ilgili yeteneklerin kritik rolünü araştırarak, ağırlıklı olarak teknik yönlere odaklanan mevcut literatürdeki bir boşluğu ele almaktadır. Sistematik bir literatür incelemesi ve yarı yapılandırılmış görüşmeler gerçekleştirerek, çalışma bu yetenekleri belirleyip kategorilere ayırarak, bunları İnsan Yetenek Olgunluk Modeli'nden (Curtis vd., 2009) uyarlanmış yapılandırılmış süreçlere entegre etmektedir. Araştırma, iş gücü hazırlığını, iş birliğini ve kurumsal kültürü geliştirmek için eyleme geçirilebilir çerçeveler ve uygulamalar sunarak işletmelerin ADA girişimlerini stratejik hedeflerle uyumlu hale getirmelerini ve sürdürülebilir başarıya ulaşmalarını sağlamaktadır.

Tarih: 10.01.2025 / 13:30 Yer: A-212

M.S. Thesis
Hüseyin Hilmi Kılınç, Transkripsiyon Faktörü Bağlanması Üzerindeki Mutasyon Etkilerini Tahmin Etmek için Sağlam Bir Yaklaşım: 560 Meme Kanseri Örneğindeki Mutasyonel İmzalarından Çıkarımlar

Kodlamayan bölgelerdeki somatik mutasyonlar, transkripsiyon faktörü (TF)-DNA etkileşimlerini bozarak gen düzenlemesini etkiler ve kansere katkıda bulunabilir. Bu tezde, somatik mutasyonların TF bağlanma afiniteleri üzerindeki etkisini değerlendiren bir in silico analiz hattı geliştirilmiştir. 403 TF için ChIP-seq ve PBM verileri kullanılarak eğitilen modellerle, 560 meme kanseri örneği incelenmiştir. Tahmin edilen TF bağlanma değişiklikleri kazanç veya kayıp fonksiyonu olarak sınıflandırılmış ve mutasyonla ilişkili hızlandırıcı-hedef gen haritalarıyla ilişkilendirilmiştir. Bu çalışma, istatistiksel analizlerle mutasyonel imza merkezli farklı desenler ve bulgular ortaya koyarken, somatik mutasyonların kanser üzerindeki düzenleyici rolüne dair önemli bilgiler sunmuştur.

Tarih: 07.01.2025 / 10:00 Yer: A-212