Research News

M.S. Thesis
Cansu Dinçer, Glioblastoma Hastaları Mutasyon Profillerinin 3 Boyutlu Uzamsal Organizasyonu ve Ağ Güdümlü Karşılaştırılması

Genomdaki değişikliklerin birikmesi tümör oluşumuna sebep olabilir. En ölümcül beyin tümörü çeşitlerinden Glioblastoma onu tedavi edilemez kılan genomik çaşitliliği ile tanınır. Bu tez çalışmasında, TCGA’ deki Glioblastoma hastalarının mutasyon profillerini kuallanarak, hastalar arası çeşitliliği azaltmayı, onları gruplara ayırıp her bir gruba özel ilaç önerilerinde bulunmayı amaç edindik. Bu nedenle, mutasyonların üç boyutlu uzamsal organizasyonları (mutasyon birikim bölgeleri), protein etkileşim ağlarındaki organizasyonları ve Glioblastoma hücre hatlarının ilaç yanıtlarını kullanan sistem düzeyinde bir yaklaşım uyguladık.

Tarih: 28.08.2019 / 11:00 Yer: A-212

Cansu Dinçer, Glioblastoma Hastaları Mutasyon Profillerinin 3 Boyutlu Uzamsal Organizasyonu ve Ağ Güdümlü Karşılaştırılması

M.S. Thesis
Müge Değirmenci Camcı, Akış Alanları Kullanarak Gerçekçi 3B Yapay Oluşumların Sentezi

Bilgisayar destekli gerçekçi görüntülere oyun ve film gibi birçok uygulama alanında yüksek talep vardır. Ateş, duman, sis gibi belirli doğal olayların karmaşık karakteristiklerinden dolayı, bu efektleri gerçekçi şekilde taklit etmek zordur. 3B yapay oluşumları görsel olarak gerçekçi şekilde sentezlemek için farklı yaklaşım metodları vardır. Akış alanlarının partiküllerin hareketlerin yönlendirmek için kullanımı rastlantısal ve doğal görünen bir etki oluşturur. Bu çalışmanın amacı akış alanları kullanarak gerçekçi 3B görsel efektler oluşturmaktır.

Tarih: 06.09.2019 / 11:00 Yer: A-212

Müge Değirmenci Camcı, Akış Alanları Kullanarak Gerçekçi 3B Yapay Oluşumların SenteziMüge Değirmenci Camcı, Akış Alanları Kullanarak Gerçekçi 3B Yapay Oluşumların Sentezi

M.S. Thesis
Selahattin Polat, Nesnelerin Interneti Güvenliği İçin Hafif Kripto Algoritmalarinin Performans Değerlendirmesi

Tezimizde, hafif kripto algoritmalarının uygunluğu ve uyumluluğunu inceleyip, Nesnelerin İnterneti cihazlarındaki performanslarını standart algoritmalarla karşılaştırdık. Algoritma uygulamamızı, birçok gömülü sistemde yaygın olarak kullanılan ve düşük fiyat ve performans oranı nedeniyle hedef platform olarak tercih edilen Arduino Uno üzerinde gerçekleştirdik. Araştırmamızda kripto protokollerinin temel bileşenini oluşturan blok şifreler üzerine odaklandık. Internet Protolü Güvenliği (IPsec) suiti ve Datagram Taşıma Katmanı Güvenliği (DTLS) protokolleri bunlar arasında en çok bilinen ve ortak olarak kullanılanlardandır. Çalışmamızla, Nesnelerin İnterneti cihazlarındaki mevcut ve gelecek hafif IPsec ve DTLS ve diğer güvenlik protokollerinin gerçeklemeleri için rehber olacak sonuçlar sağlamayı hedefliyoruz

Tarih: 26.07.2019 / 13:00 Yer: A-212

M.S. Thesis
Elif Bozlak, Trıo Verisi ile De Novo Snp Çağırma ve Demografik Geçmiş Analizi

Bu tezde üç farklı at ailesinin YNS verilerini analiz ederek bir jenerasyonda ortaya çıkan de novo mutasyonları tespit etmeyi hedefledik. Daha yüksek okuma derinliğine sahip olan veride daha yüksek sayıda gerçek pozitif bulurken, daha düşük okuma sayısına sahip olan veride daha düşük sayıda bulduk. Ek olarak at ailelerinin tarihlerine dair tahmin yürütebilmek için PSMC ve ROH analizleri yaptık. Analiz sonuçlarını önceki çalışmaların sonuçlarıyla uyumlu bulduk. Sonuçta de novo mutasyonların tespit edilmesi ve popülasyon tarihine dair tahmin yapabilmek için gereken tüm genom sekanslama verisinin minimum okuma sayısı ve kalitesine dair fikir edindik.

Tarih: 29.07.2019 / 11:00 Yer: A-212

M.S. Thesis
Evrim Fer, Anadolu’da Neolitik ve Günümüz İnsan Genomlarının Karşılaştırılmasıyla Poligenik Özelliklerle İlişkili Aleller Üzerinde Doğal Seçilim Tespiti

Yaklaşık 10,000 yıl önce batı Avrasya’da başlayan Neolitik Geçiş insan yaşamında büyük değişikliklere yol açmıştır. Birçok çalışmada, bu değişikliklere bağlı adaptasyonlar tespit edilmiştir. Gelişen arkeogenomik çalışmaları sayesinde, bu adaptasyonlar antik DNA analizleriyle desteklenmektedir. Bu çalışmada, Neolitik sonrası Anadolu’daki poligenik adaptasyonlar, antik ve modern DNA karşılaştırmasıyla incelenmiştir. Beslenme, bağışıklık ve çeşitli kompleks özellikleri içeren 40 poligenik fenotip için Neolitik (n=36) ve günümüz (n=26) Anadolu bireylerinin arasında genetik uzaklıklar FST istatistiğiyle hesaplanmış ve genomda seçilimden direkt etkilenmeyen bölgelerle karşılaştırılmıştır. Ayrıca, Neolitik, modern Anadolu ve Afrika popülasyonu arasında yapılan genom boyu seçilim analizi ile modern Anadolu dalına özgü seçilim sinyalleri tespit edilmeye çalışılmıştır.

Tarih: 29.07.2019 Yer: A-212