Yüksek Lisans Adayı: Ümit Sude Böler

EABD: Biyoenformatik

Tarih: 01.09.2025 / 11:00

Yer: A-212

Özet: Alternatif birleştirme, transkriptomik karmaşıklığın genişlemesi için hayati öneme sahiptir; mikroekzonlar ise sinirsel gelişim sürecinde en işlevsel olarak kritik ve en sıkı şekilde düzenlenen birleşme olaylarından bazılarını temsil eder. Bu tez, farklı düzeylerdeki SRRM4 ifadesi altında, aşağı intron, mikroekzon ve yukarı intron bölgelerinde mühendislik ile oluşturulmuş sekans varyantlarının PSI (Percent Spliced In) değerleri üzerindeki etkilerini incelemektedir. Massively Parallel Splicing Assays (MaPSy) ile elde edilen sentetik bir mikroekzon kütüphanesi kullanılarak, SRRM4’ün dört farklı ifade koşulunda (GFP, LOW, MID, HIGH) birleşme sonuçlarını tahmin etmek üzere özel bir konvolüsyonel sinir ağı (CNN) modeli geliştirilmiştir. Model, one-hot kodlanmış diziler ve yardımcı bağlamsal verilerle eğitilmiş, her bir koşulda güçlü tahmin performansı göstermiştir. Biyolojik yorumlanabilirliği artırmak amacıyla, PSI tahminlerine katkıda bulunan düzenleyici sekans motiflerini çıkarmak üzere DeepLIFT tabanlı özellik katkı analizi ve TF-MoDISco-lite yöntemi uygulanmıştır. Keşfedilen motifler daha sonra CISBP-RNA veritabanı kullanılarak TOMTOM aracı ile anotasyonlanmış ve SRRM4 aracılı birleşme düzenlemesiyle ilişkili olabilecek eş düzenleyici elementler hakkında içgörüler sağlanmıştır. Bu çalışma, mikroekzon katılımının cis-düzenleyici mantığını çözümlemeye yönelik hesaplamalı bir çerçeve sunmakta ve bütünleştirici modellemenin, birleştirme düzenlemesinin sinir gelişimi bağlamındaki anlaşılmasını nasıl ileri taşıyabileceğini ortaya koymaktadır.