Doktora Adayı: Kerem Yıldız
EABD: Tıp Bilişimi
Tarih: 09.06.2026 / 13:00
Yer: A-212

Özet: Mikro RNA'lar (miRNA'lar), gen çevirisini aşağı düzenlemek için belirgin bir mekanizma aracılığıyla transkripsiyon sonrası gen düzenlemesinde rol oynar. Son çalışmalar, miRNA düzeyindeki işlev bozukluğunun kanserler ve kardiyovasküler hastalıklar gibi karmaşık bozuklukların altında yatan etiyoloji olabileceğini göstermiştir. miRNA, memeli hücrelerinde 3'UTR'de hedef haberci RNA'larına (mRNA) bağlanır. Tohum bölgesi olarak adlandırılan miRNA'ların 2 ila 8. pozisyonlarındaki nükleotidler mRNA'nın hedef dizisini tamamlar. Bu tohum bölgeleriyle veya tamamlayıcı dizilerle örtüşen tek nükleotid varyantları (SNV), miRNA işlevini etkileyerek hastalıklara neden olabilir. Birçok veri tabanı ve araç, 3'UTR SNV'lerinin miRNA bağlanması üzerindeki etkilerini analiz etse de, bunlar bağımsız deneysel verilere dayanarak geliştirilmiştir. Bu çalışmada, aynı örnek kümeleri için ifade analizi ve genotiplemeden elde edilen deneysel sonuçları entegre ederek 3'UTR SNV'lerinin miRNA bağlanması üzerindeki etkilerini gösteren miRHub adlı bir veritabanı geliştirilmiştir. Farklı ifade analizi için miRNA ve mRNA ifade verilerini The Cancer Genome Atlas'tan (TCGA) elde ettik ve miRTarBase veritabanını ve TCGA SNV verileriyle aynı yerde bulunanları entegre ederek dupleksleri tanımladık. Ek olarak, TCGA'nın mRNA'daki SNV veri kümesini miRanda veritabanıyla eşleştirerek tohum/tohum olmayan SNV'leri bulduk. miRanda tahminsel bir miRNA hedef veritabanı olduğu için sadece miRNA-mRNA duplekslerini eşleştirmek için değil ama tohum/tohum olmayan SNV’leri belirlemek için kullanılmıştır. Bu çalışmada sunulan miRHub portalı, mRNA, miRNA ve eş konumlu SNV'ler için ifade analizi sonuçlarını eşleşen TCGA örnekleri ve duplekslerle birleştirir. miRHub’ın bir kullanım örneği olarak, Akciğer Adenokarsinomu (LUAD)/Akciğer Skuamöz Hücre Karsinomu (LUSC) ve Cilt Kutanöz Melanomu'ndaki (SKCM) aynı deneylerden SNV'ler ile ilgili olarak "Primer Katı Tümör" ve "Metastatik" örnek tiplerindeki mRNA düzenlemesindeki istatistiksel olarak anlamlı değişiklikleri sunuyoruz. miRHub aracılığıyla tanımlanan SNV'ler ve miRNA'lar arasındaki etkileşimler, prognoz veya terapi için hedefler için potansiyel biyobelirteçler olarak daha detaylı incelenebilir.