PhD Thesis

Ph.D. Thesis

Utku Civelek, Veri Biliminde İş Birliği için Bir Bilgi Yönetim Sisteminin Kavramsal Tasarım ve Uygulaması

Dijital dönüşümün en etkileşimli alanı, birden fazla ortak arasında uzun süreli aktif iş birliğini gerektiren veri bilimidir. Veri bilimciler, verilerin yapısını ve ortamını anlamak için alan uzmanlığı ararken, iş kullanıcıları analitik çözümlerden yararlanmak için ilgili konseptleri kavramakla uğraşırlar. Bu tez iş ve veri ayrıntılarının, modelleme prosedürlerinin ve dağıtım adımlarının paylaşıldığı bir bilgi yönetimi sistemi olarak CoDS'un (İşbirlikçi Veri Bilimi Çerçevesi) kavramsal tasarımını ve uygulamasını sunmaktadır. CoDS devam eden projelere aracılık edip onları ölçeklendirmekte, paydaşlar arasında bilgi aktarımını zenginleştirmekte, yeni ürünlere yönelik fikirlerin geliştirilmesine olanak sağlamakta ve yeni geliştiricilerin takımlara katılımını desteklemektedir.

Tarih: 22.01.2024 / 13:00 Yer: II-06

Turkish

Umut Şener, Kuruluşlardaki Dijital Dönüşüm İçin Bir Olgunluk İndeksinin Geliştirilmesi

Kuruluşlar, olgunluk indeksi gibi olgunluk yapılarını kullanarak pazar başarısı için dijital dönüşüm (DX) olgunluklarını geliştirmeye çalışmaktadır. Ancak, bu yapılar sınırlamalarla karşı karşıyadır ve bir araştırma boşluğu ortaya çıkarmaktadır. Bu nedenle bu tez, tasarım bilimi araştırmasını kullanarak DX olgunluk indeksi (DX-MI) adı verilen yeni bir kendi kendine teşhis aracı sunmaktadır. DX-MI, kuruluşların DX olgunluklarını ölçmelerine ve geliştirmelerine yardımcı olur. Boyutları, alt boyutları ve ölçütleri içeren hiyerarşik bir yapıya sahip olan bu araç, kanıtlara veya nesnel ölçülebilir ölçütlere dayanan bir değerlendirme yaklaşımıyla desteklenmektedir. DX-MI'nın uygulanabilirliğini ve kullanılabilirliğini kontrol etmek için çoklu vaka çalışması yapılmış, etkinliği ve pratikliği teyit edilmiştir.

Tarih: 22.01.2024 / 14:30 Yer: II-06

Turkish

Özgür Korkmaz, Çelik Üretimi içı̇n Hiperspektral Görüntüleme Uygulamaları

Çelik üretimi, dünya çapında sayısız altyapı projesinin ve endüstriyel uygulamanın bel kemiği olarak hizmet vermektedir. Verimliliğini, kalitesini ve çevresel sürdürülebilirliğini korumak ve geliştirmek için hiperspektral görüntüleme, çelik endüstrisi için umut verici bir teknolojidir.  Hiperspektral görüntülere uygulanan entegre bir algoritmadan yararlanarak çelik cürufundaki serbest kireç içeriğini ölçmek için yeni, tahribatsız bir yaklaşım sunulmaktadır. Bu yöntem, karışım bileşenlerinin belirlenmesi için spektral karıştırma ve karışımın uç üyelerinin çıkarılmasını içermektedir. Metodoloji hem taze hem de altı aylık çelik cürufu ile çeşitli deneyler içermekte ve X-ışını kırınım desenlerinin Rietveld Analizine kıyasla doğruluğunu göstermektedir.

Tarih: 11.01.2024 / 09:30 Yer: B-116

Turkish

Müslüm Kaan Arıcı, Gizli Etkileşimler ve Fonksiyonel Modüllerin Hibrit Bir Ağ Bağlamsallaştırma Aracı pyPARAGON ile Açığa Çıkarılması

Yeni nesil omik teknolojiler, hastalık durumları, hastalar ve ilaç değişiklikleri gibi farklı biyolojik bağlamlar hakkında moleküler bilgi vermek için ağ tabanlı bağlamsallaştırma yöntemlerini kullanır. Başlangıçta bu tez, bağlamsallaştırmadaki eksik noktalar, omics veri kümelerindeki gizli bilgiler, referans ağlarındaki sapmalar ve yüksek düzeyde bağlantılı düğümler veya hub'larla gürültülü etkileşimler gibi zorlu sorunları tanımladı. Devamında da, bu zorlukların üstesinden gelmek için  pyPARAGON'u (çoklu Omic veri entegrasyonu için Graphlet kılavuzlu ağ üzerinde PAgeRANk-flux) geliştirdik. Ayrıca özgün bir araç olan pyPARAGON, hastaya özel ağları yeniden çıkartarak ve meme kanseri ve otizm spektrum bozuklukları gibi karmaşık hastalıkları modelleyerek karmaşık hastalıkları bağlamsallaştırdı.

Tarih: 22.01.2024 / 14:00 Yer: A-108

Turkish

Alper Sarıkaya, Yazılım Tanımlı Ağda Yanıltıcı Saldırılara Karşı Makine Öğrenimi Tabanlı Dirençli Bir Saldırı Tespit Sistemi Tasarımı

Makine öğrenimi algoritmalarının (özellikle derin öğrenmede) sağladığı etkileyici başarılara rağmen, değiştirilmiş girdi verileri tarafından kolaylıkla kandırılabilirler. Yanıltıcı saldırılar, makine öğrenimi modellerini ciddi şekilde hedef alır. Yanıltıcı eğitim, yanıltıcı saldırılara karşı etkili bir yöntemdir ancak ağ datası özellikleri nedeniyle bu yöntem uygun değildir. Bu tezde, otomatik kodlayıcının yeniden yapılandırma hatası, düşmanca saldırıların tespiti için kullanılmıştır. IDS modeli RAIDS önerilmiştir ve düşman saldırılarına karşı etkili sonuçlar elde etmiştir.

Tarih: 17.01.2024 / 14:00 Yer: A-108

Turkish

Serkan Özdemir, Makine Öğrenmesi ve Derin Öğrenme Yöntemlerin Kullanarak İçme Suyu Reservuarının Yönetimi için Bir Karar Destek Aracının Geliştirilmesi

Küresel iklim değişikliği, değişen meteorolojik faktörlerden ve su kullanımından etkilenen göl seviyesi dalgalanmalarına neden olmaktadır. Girdi veya çıktı değişiklikleri su dengesi denklemini hızla etkiler. Bu çalışma, iklimsel ve hidrolojik değişkenler için tahmin modellerini araştırmakta ve bunların göl su seviyesi ve su kalitesi ile korelasyonlarını değerlendirmektedir. Kullanılan çeşitli algoritmalar içerisinde (Naïve Yöntem, YSA ve RNN) LSTM, RMSE'ye göre doğrulukta üstünlük sağlamıştır. Naïve Yöntemi ile yapılan karşılaştırmalar, özellikle ileriki zaman periyotlarında YSA ve RNN'nin tahmin başarısını doğrulamaktadır. Sıcaklık ve buharlaşma ile yapılan korelasyonlar bu parametrelerin göl suyu kalitesi etkilerini vurgulamaktadır. Modeller ve metrikler su yöneticileri için bir karar destek aracı oluşturmaktadır.

Tarih: 19.12.2023 / 13:30 Yer: A-212

Turkish

Burak Demiralay, Büyük Ölçekli Genom Veri Kümelerinde Farklılaşma Oranı Yüksek Virüslerin Genotip ve Alttip Tespiti için Etkili Primer Tasarımı

Yüksek mutasyon oranlarına ve genetik çeşitliliğe sahip organizmalar için binlerce genomun tamamını işleyebilecek özgün dizilerin tanımlanmasına yönelik etkili ve ölçeklenebilir bir yöntem geliştirdik. Termodinamik, oldukça farklı üç virüs üzerinde test edilen yöntemimizin ana itici gücüdür. Bulunan oligonükleotidler, 1657 HCV genomunun %99,9'unu, 11838 HIV genomunun %99,7'sini ve 4016 Dang humması genomunun %95,4'ünü tanımlayabilmektedir. Ayrıca HCV'nin 1-6 genotipleri ve Dengue virüsünün 1-4 genotipleri üzerinde >%99,5 gerçek pozitif ve <%0,05 yanlış pozitif oranıyla alt tür tanımlamasını da gösteriyoruz. Gelişmiş yöntemlerin hiçbiri bu performansı sağlayamamaktadır

 

Tarih: 11.09.2023 / 17:00 Yer: A-212

Turkish

Mine Yoldaş Orhon, MutEXP: Gen Eksprasyonunu Etkilene SNPleri Belirlemek için Bir Araç

Genomdaki varyantların çoğu kodlamayan bölgededir. Kodlayan bölgedeki değişiklikler proteini etkilerken, kodlamayan bölgedeki değişiklikler düzenleyici mekanizmayı etkiler. Bu nedenle kodlamayan varyasyonların gözlemlenmesi, gen ekspresyonunu etkileyen varyasyonların belirlenmesini sağlayabilir. eQTL, gen ifadesine etki eden SNP'lerin belirlenmesi amacıyla kullanılan popüler bir yöntemdir. Somatik SNP'ler ile gen ifadesi arasındaki ilişkiyi eQTL analizine dayalı olarak anlamak için python tabanlı, kullanımı kolay bir araç uyguladık.

Tarih: 11.09.2023 / 14:00 Yer: A-212

Turkish

Kerem Alp Usal, Ortak Hareketin Sinirsel Mekanizmaları

Bu çalışmada ortak hareket esnasında sinirsel aktivasyondaki değişimler “hyperscanning” yani hipertarama denilen yöntemle incelenmiştir ve bunun için katılımcılar aynı görevi yalnız yapıp sonra bir ikili olarak ortaklaşa hareket ederlerken fonksiyonel yakın kızılötesi spektroskopi (fNIRS) ve elektroensefalografi (EEG) ile kayıt alınmıştır. Altmış iki katılımcı ikililer halinde n-geri görevinin ikili versiyonu ile test edilmiştir. Sonuçlar sosyal kolaylaştırma modelini destekler niteliktedir ve hipertarama dahil sinirsel ölçümler bireysel ve sosyal görev durumlarını ayırt etmede başarılı olmuştur. Bu çalışma fNIRS ve EEG ile hipertarama yaparak zaman sınırlaması ve uzamsal mantık yürütme içeren karmaşık bir işbirliği görevini inceleyen ilk çalışmalardan birisidir.

Tarih: 05.09.2023 / 11:00 Yer: A-212

Turkish

Murat Koçak, Nörogörüntülemede Fonksiyonel Yakın Kızılötesi Spektroskopisinin (Fnirs) Bibliyometrik Analizi

Bu çalışma, dünya genelinde büyüyen bir araştırma alanı olan Fonksiyonel Yakın Kızılötesi Spektroskopi (fNIRS) alanının disiplinler arası ve kurumsal işbirliği yönünden bibliyometrik bir haritasını sunmayı amaçlamaktadır. Disiplinler arası ve kurumların işbirliği ile yapılan çalışmalar, akademik olarak yüksek atıf etkisine sahip oldukları için üniversiteler tarafından giderek daha fazla teşvik edilmektedir. Bu çalışmada 1980'den 2020'ye kadar fNIRS alanında yapılan makale sayısı, alıntı sayısı, CNCI ve IREW yüzdesine bakılmıştır. Bu akademik göstergeleri artırabilecek disiplinler arası ve üniversite & ülke işbirlikleri bibliometrik bakış açısı ile incelenmiştir.

Tarih: 11.09.2023 / 10:30 Yer: -

Turkish

Pages

Subscribe to RSS - PhD Thesis