Hüseyin Hilmi Kılınç, Transkripsiyon Faktörü Bağlanması Üzerindeki Mutasyon Etkilerini Tahmin Etmek için Sağlam Bir Yaklaşım: 560 Meme Kanseri Örneğindeki Mutasyonel İmzalarından Çıkarımlar

Kodlamayan bölgelerdeki somatik mutasyonlar, transkripsiyon faktörü (TF)-DNA etkileşimlerini bozarak gen düzenlemesini etkiler ve kansere katkıda bulunabilir. Bu tezde, somatik mutasyonların TF bağlanma afiniteleri üzerindeki etkisini değerlendiren bir in silico analiz hattı geliştirilmiştir. 403 TF için ChIP-seq ve PBM verileri kullanılarak eğitilen modellerle, 560 meme kanseri örneği incelenmiştir. Tahmin edilen TF bağlanma değişiklikleri kazanç veya kayıp fonksiyonu olarak sınıflandırılmış ve mutasyonla ilişkili hızlandırıcı-hedef gen haritalarıyla ilişkilendirilmiştir. Bu çalışma, istatistiksel analizlerle mutasyonel imza merkezli farklı desenler ve bulgular ortaya koyarken, somatik mutasyonların kanser üzerindeki düzenleyici rolüne dair önemli bilgiler sunmuştur.

Tarih: 07.01.2025 / 10:00 Yer: A-212

Turkish

Tayfun Eylen, Veri Temelli Alarm Parametre Optimizasyonu

Tez, üretimde alarm yönetim sistemlerinin optimize edilmesini tartışmaktadır. Alarm parametrelerini geliştirmek için Tennessee Eastman Sürecini kullanan, gözden kaçan kritik alarmları azaltmayı ve proses güvenliğini iyileştirmeyi amaçlayan yeni bir veri odaklı yöntem sunar. Önemli katkılar arasında bozulmaların alarmlarla ilişkilendirilmesi, bir alarm simülasyon platformu oluşturulması ve alarm parametrelerinin optimize edilmesi yer alır. Çalışma, alarm reaksiyon gecikmesi ile alarm sayısı arasındaki dengeyi vurgulayarak operatörün zamanında yanıt vermesinin önemini vurgulamaktadır.

Tarih: 10.01.2025 / 14:45 Yer: II-06

Turkish

Özge Köktürk, Denetimsiz Alan Uyarlaması ile Bağlamdan Bağımsız Otokodlayıcı Eğitimi

Bu tez, farklı bağlamlarda model genellenebilirliğini artırmak için denetimsiz alan uyarlaması kullanarak bağlamdan bağımsız otokodlayıcılar eğitimi için bir yöntem sunmaktadır. Alan-çekişmeli eğitim ve veri artırma stratejileri kullanılarak bağlam varyasyonlarını göz ardı eden, alan bağımsız temsiller çıkarılmıştır. Deneylerde, CARLA simülatöründen elde edilen çeşitli hava koşulları ve günün farklı saatlerine ait görüntü veri setleri kullanılmıştır. Önerilen çerçeve, yeniden yapılandırma kaybı ve özellik dayanıklılığını iyileştirerek dinamik ortamlarda güvenilir makine öğrenimi performansı sağlamaktadır. Çalışma, alan kaymalarını ele almadaki alan uyarlama tekniklerinin önemini vurgulayarak, otonom sistemler için sağlam bir temel sunmaktadır.

Tarih: 06.01.2025 / 14:30 Yer: A-212

Turkish

2024-2025 Güz Dönemi Final Sınavları

EKSİK DERSLERE AİT BİLGİLER İLETİLDİKÇE LİSTE GÜNCELLENECEKTİR.


DERSİN KODU FİNAL TARİHİ SAATİ YERİ
IS 503 06 Ocak 2025 09:40 II-02
CSEC 501 07 Ocak 2025 09:00 II-05
IS 585 07 Ocak 2025 09:30 II-02
BIN 508 07 Ocak 2025 09.30-12.30 II-06
CSEC 528 07 Ocak 2025 12:00 II-04
BIN 503 07 Ocak 2025 13.30 ENF.LAB.
IS 529 07 Ocak 2025 13:40 II-05
COGS 515 08 Ocak 2025 09.00 II-05
CSEC 507 08 Ocak 2025 09:30 II-06
BIN 506 08 Ocak 2025 09.30-14.00 ENF.LAB.
IS 501 08 Ocak 2025 09:40 II-02
DI 502 08 Ocak 2025 09:40 II-03
CSEC 513 08 Ocak 2025 13:30 II-01
DI 710 08 Ocak 2025 13:40 II-02
MMI 505 09 Ocak 2025 10:00 II-06
IS 721 09 Ocak 2025 13:40 II-01
DI 728 09 Ocak 2025 14:00 II-06
DI 592 10 Ocak 2025 09:40 II-02
BIN 511 10 Ocak 2025 10.00 ENF.LAB.
CSEC 522 10 Ocak 2025 14:00 II-05
BIN 500 13 Ocak 2025 09.30 II-02
COGS 507 13 Ocak 2025 13.00-15.00 II-03
IS 507 13 Ocak 2025 13:40 II-02
MI 533 13 Ocak 2025 14.00 II-06
BIN 517 14 Ocak 2025 09.30 II-02
MI 543 14 Ocak 2025 10.00 II-05
COGS 536 14 Ocak 2025 12.00-15.00 II-03
CSEC 504 14 Ocak 2025 13:30 II-04
BIN 502 14 Ocak 2025 13:30 II-02
IS 502 15 Ocak 2025 13:40 II-02
COGS 501 15 Ocak 2025 14.30 II-03
DI 501 16 Ocak 2025 13:40 II-02
IS 545 17 Ocak 2025 13:40 II-02
MI 717 18 Ocak 2025 18.00 II-02
DERSİN KODU PROJE VE SUNUM TARİHLERİ SAATİ YERİ
IS 502 8 Ocak 2025 13:40-16:30 II-04
IS589 10 Ocak 2025 09:30 II-06
CSEC589 10 Ocak 2025 09:00 II-03
DERSİN KODU ÖDEV / PROJE TESLİM TARİHİ SON TESLİM TARİHİ SON TESLİM SAATİ
DI 504 Take Home 09 Ocak 2025 18:00
MMI 714 Take Home 13 Ocak 2025 18:00
COGS 566 Dönem Sonu Sınavı Yapılmayacak 16 Ocak 2025 17.00
MMI 712 Dönem Sonu Sınavı Yapılmayacak 18 Ocak 2025
MMI 727 Dönem Sonu Sınavı Yapılmayacak 18 Ocak 2025
IS 520 Dönem Sonu Sınavı Yapılmayacak 18 Ocak 2025
COGS 567 Dönem Sonu Sınavı Yapılmayacak 18 Ocak 2025 23.59

Announcement Category

Burak Büyükyaprak, Kelime Gömme Modelleri Kullanılarak Semantik Benzerlik Etkisinin Gecikmeli Geri Çağırma Görevi Üzerindeki Etkisinin İncelenmesi

"Kelime Gömme Modelleri Kullanılarak Semantik Benzerlik Etkisinin Gecikmeli Geri Çağırma Görevi Üzerindeki Etkisinin İncelenmesi" tez çalışması, zamansal yakınlık etkisinin yanı sıra, semantik yakınlık etkisinin gecikmeli serbest hatırlama üzerinde nasıl etki yaptığını araştırmaktadır. Mevcut çalışma, hafızayı geri getirme sürecine yol açan altta yatan bilişsel mekanizmaları özetlemek amacıyla metodolojik amaçlar için fastText ve word2vec'i kullanıyor. Kelime anlamları ile hafıza performansı arasındaki etkileşimi araştıran bu çalışma, özellikle dil işleme ve insan hafızasının araştırılmasında Bilişsel Bilim ve Psikolojiye katkıda bulunmaktadır.

Tarih: 10.01.2025 / 13:00 Yer: B-116

Turkish

Mustafa Zemin, Halka Açık Blokzincir Ortamında Kolektı̇f Zeka Yoluyla Deepfake Tespit Sistemi

Bu tez, dijital yanlış bilginin artan tehdidini ele almak için kamu blok zinciri ve kolektif zekayı kullanan bir Deepfake Algılama Sistemi sunmaktadır. Ethereum Sepolia test ağında uygulanan sistem, insan işbirliğini ve merkezi olmayan teknolojiyi birleştirerek, üretim yöntemlerinden bağımsız olarak deepfake'leri tespit eder. Akıllı sözleşmelerin kullanılması, oylama süreçlerini otomatikleştirerek ve oylama doğruluğuna göre kullanıcı güvenilirliğini ayarlayarak şeffaflığı, adaleti ve ölçeklenebilirliği garanti eder. Sistem, kullanıcı etkisini normalleştirerek ve açık katılımı teşvik ederek güven ve doğruluk oluşturur. Bu çalışma, sistemin sağlamlığını, ölçeklenebilirliğini ve yanlış bilgiyle mücadele yeteneğini gösterirken, diğer alanlarda blok zinciri tabanlı doğrulama için temel oluşturur.

Tarih: 07.01.2025 / 14:00 Yer: A-212

Turkish

Ece Çağlayan, M1 Reseptör Polı̇morfı̇zmı̇ne Göre Şizofreni̇ Gruplarında N-Geri Görevinin Beyin Ağı Bağlantısı

Bu tez, M1 muskarinik reseptör polimorfizmine (rs2067477) sahip şizofrenide klozapinin bilişsel işlev ve beyin bağlantısı üzerindeki etkilerini incelemektedir. Genotipler arasındaki kortikal aktivite ve bağlantı farklılıkları, bir N-back çalışma belleği görevi ve fonksiyonel yakın kızılötesi spektroskopi (fNIRS) kullanılarak değerlendirilmiştir. Vahşi tip bireyler görev sırasında daha yüksek kortikal aktivasyon sergilemiş, ancak frontotemporal ağda vahşi olmayan tiplere kıyasla daha düşük işlevsel bağlantıya sahip olmuştur. Bulgular, klozapinle ilişkili nöral yanıtların genetik etkilerini vurgulayarak farklı telafi mekanizmalarına işaret etmekte ve şizofrenide kişiselleştirilmiş tedavi yaklaşımları için değerli bilgiler sağlamaktadır.

Tarih: 10.01.2025 / 10:00 Yer: A-212

Turkish

Open Research Day 2024

The 5th Open Research Day is approaching! Please see the programme below:

- Opening and Keynote Presentation*: 6 December 2024, 13:00 – 13:30, Ural Akbulut Hall;

- Poster Presentations: 6 December 2024, 13:30 – 15:30, Main Hall;

- Awards ceremony and presentations: 13 December 2024, 13:30 – 14:30, Ural Akbulut Hall.

The aim of the Open Research Day is to:

- Familiarize attendees with research topics across the departments of METU Informatics Institute (II).
- Create new interdisciplinary collaborations.
- Encourage students and research assistants of METU II to present their work before their thesis defense or conference presentations.

We kindly invite you to participate in our event. In addition to the poster session, there will be a *keynote presentation titled "Applications of Generative Artificial Intelligence in Health and Biology" by Prof. Dr. Tunca Doğan.

Announcement Category

Barış Özcan, Konsept Kaymasıyla Dinamik Başa Çıkmak için Adaptif Sistem: Tespit, Modelleme ve Ağırlıklı Oylama ile Tahmin

Bu tez, makine öğrenmesi algoritmalarının karşılaştığı verideki değişimlerin modelin geçerliliğini ve performansını azalması sorunu olan kavram kayması problemini ele almaktadır. Araştırma, yeni konseptleri tespit eden ve her bir konsepte özel modeller geliştirerek onlara uyum sağlayan dinamik bir sistem önermektedir. Bu sistem, topluluk stratejilerinin kullanımını ve sentetik veriyle sınıf dengesizliklerinin giderilmesini de içermektedir. Bu araştırma, veri setleri arasındaki farklılıklar ve performans ölçütlerine dayalı konsept kayması tespit yöntemleri ile tahmin edilecek veri setlerinin konseptlerini dikkate alan farklı tahmin yöntemlerini kullanarak; dinamik ortamlarda model uyarlanabilirliğini artırmayı ve kavram kayması sorununa kapsamlı bir çözüm sunmayı amaçlamaktadır.

Tarih: 27.12.2024 / 14:00 Yer: A-212

Turkish

Güliz Demirezen, Çapraz Oturumlarda EEG Tabanlı Zihinsel İş Yükü Sınıflandırması için Grafik Sinir Ağlarının Kullanımı: Tekrarlanabilir Beyin-Bilgisayar Arayüzü Uygulamaları

Bu tez, birden fazla oturumda EEG sinyalleri kullanarak zihinsel iş yükünü sınıflandırmak için yeniden üretilebilir bir metodoloji geliştirmektedir. Yeniden üretilebilir araştırmalar için yönergeler oluşturulmuş ve mevcut EEG tabanlı zihinsel iş yükü sınıflandırma çalışmalarının yeniden üretilebilirlik durumunun değerlendirildiği kapsamlı bir inceleme yapılmıştır. Sınıflandırma için grafik sinir ağları kullanılmıştır. Oturumlar arası genelleştime için optimal taşıma ile alan uyumu araştırılmıştır. Model performansını değerlendirmek için özneye özgü değerlendirmeler yapılmış ve çeşitli metrikler kullanılmıştır. Çalışmanın sonuçları, beyin-bilgisayar arayüzleri ve diğer bilişsel yük uygulamaları için zihinsel yük sınıflandırmasının gürbüzlüğünü ve genelleştirilebilirliğini artırmayı amaçlamaktadır.

Tarih: 20.12.2024 / 13:00 Yer: A-212

Turkish

Pages

Subscribe to Enformatik Enstitüsü RSS