Enformatik Enstitüsü

MikroRNA'lar (miRNA'lar), hedef haberci RNA'lara (mRNA'lar) diziye özgü bağlanma yoluyla gen ekspresyonunu transkripsiyon sonrası düzeyde düzenler. Tek nükleotid varyantları (SNV), miRNA-mRNA etkileşimlerini aksatabilir ve hastalıklara neden olabilirler. miRNA-mRNA Eşleştirilmiş The Cancer Genome Atlas ifade ve genotipleme verilerini kullanarak miRNA-mRNA dubleks bilgilerini 3'UTR SNV bağlamıyla bütünleştiren kapsamlı bir veritabanı olan miRHub’ı sunuyoruz. miRHub portalı, mRNA ifade, miRNA ifade ve ilgili miRNA-mRNA dublexleriyle birlikte lokalize olan SNV'ler için entegre görünümler sağlar. Bir kullanım örneği olarak, SNV ile ilişkili duplekslere dayalı olarak farklı örnek tipleri arasında mRNA düzenlemesinde istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar olduğunu rapor ediyoruz.

Tarih: 09.06.2026 / 13:00 Yer: A-212

Bu tez, istasyona özgü güçlü yer hareketi kayıtlarının üretimi için dikkat mekanizmasıyla zenginleştirilmiş bir Varyasyonel Otokodlayıcı önermektedir. Model, üç bileşenli PEER NGA-West2 sismik ivme dalga formlarını altı kanallı STFT spektrogramları olarak kodlayarak, dikkat tabanlı dar boğaz içeren evrişimsel bir yapı ile kompakt gizil temsiller öğrenmektedir. İstasyona duyarlı gizil örnekleme, sınırlı veriden sahaya özgü sentetik örnekler üretir. Ayrıca, tez kapsamında zaman uzayı metrikleri ile şiddet-şekil tabanlı binleme üzerinden gerçekleştirilen pseudo-spektral ivme analizini birleştiren yapılandırılmış bir değerlendirme çerçevesi sunulmaktadır. Üretilen kayıtlar, Güney Kaliforniya istasyonundan alınan orijinal veriler ve SCEC Broadband Platform simülasyonları ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmektedir.

Tarih: 30.04.2026 / 14:30 Yer: A-212

Bu tez, Statik Uygulama Güvenliği Testi (SAST) araçlarının sistematik bir değerlendirmesini sunmaktadır. İlgili çalışmalar çoğunlukla sentetik kod tabanları ve güvenlik açığı başına değerlendirme yöntemleri kullanmaktadır. Bu çalışmada, hem sentetik karşılaştırma ölçütleri hem de gerçek dünyada kasıtlı olarak güvenlik açığı bulunan uygulamalar, sorun başına değerlendirme ile birlikte araçlar üzerinde test edilmiştir. Yapılan deneyler çeşitli değerleri ölçmekte ve bu sonuçları arkasındaki nedenlerle açıklamaktadır. Nicel sonuçlara ek olarak, sonuçları ve gözlemlenen performans farklılıklarını daha ayrıntılı olarak açıklamak için araçların niteliksel özellikleri ve iç mekanizmaları incelenmiştir. Sonuçlar, değerlendirme modelleri ile araçların etkinliği arasındaki farkı göstermektedir. Genel olarak tez,  SAST araçları araştırması ve seçimi için pratik bilgiler sunmaktadır.

Tarih: 14.04.2026 / 11:00 Yer: Cisco Lab

Bu tez, otonom sürüşte merkez çizgisi odaklı yol topolojisi anlamlandırması için çoklu görüşlü, çok kipli BEV algısını incelemektedir. Çalışma, transformer-çözücü çerçevesi içinde merkez çizgisi kestirimini iyileştirmeye odaklanmakta ve bu kazanımların topoloji akıl yürütmesine nasıl yansıdığını araştırmaktadır. Tez üç aşama geliştirmektedir: yön bilgisiyle denetlenen ve maske-Bezier çıktı füzyonu içeren maske tabanlı merkez çizgisi kestirimi, çok noktalı ve Bezier deformable attention ile Bezier güdümlü çözücü dikkati ve coğrafi olarak ayrık ile uzun menzilli çok kipli değerlendirme. OpenLane-V2 ve OpenLane-V1 üzerindeki deneyler, tutarlı protokoller altında güçlü kamera ve kamera-LiDAR performansı göstermektedir.

Tarih: 16.04.2026 / 14:00 Yer: A-212

Somatik mutasyonlar, normal hücrelerin kansere dönüşümünü tetikler. Bununla birlikte, seçici bir büyüme avantajı sağlayan sürücü mutasyonları, nötr yolcu mutasyonlarının geniş arka planından ayırt etmek kritik bir zorluk olmaya devam etmektedir. Bunu ele almak için, uzun menzilli genomik etkileşim verilerinden yararlanarak mutasyon merkezli ağlar oluşturan yeni bir grafik tabanlı çerçeve sunuyoruz. Yöntemimiz, genomik aralıkları düğümler ve uzun menzilli etkileşimlerini veya örtüşmelerini kenarlar olarak modeller. Bir ’çekirdek’ mutasyondan başlayarak, grafik yinelemeli olarak genişler ve hem yerel hem de uzak genomik bağlamı yakalamak için örtüşmeleri ve etkileşimli aralıkları bulur. Bu mimari, bir mutasyonun topolojik etkisini nicelleştirmemize, karmaşık yapısal kalıpları (grafik döngüleri gibi) tanımlamamıza ve değişken aralıklarda bilinen sürücü genlere yakınlığı değerlendirmemize olanak tanır. Dahası, bu yaklaşım doğal olarak bireysel mutasyonlar için gömme vektörleri oluşturarak, örneklerin mutasyon profili benzerliğine göre kümelenmesini sağlar. Sonuç olarak, genomik manzaraya kapsamlı, etkileşim odaklı bir bakış açısı sağlayarak, çerçevemiz daha doğru sürücü tanımlamasını ve kişiselleştirilmiş tedavi için iyileştirilmiş hasta sınıflandırmasını kolaylaştırır.

Tarih: 13.04.2026 / 14:00 Yer: B-116