Enformatik Enstitüsü

Bu çalışmada negatif olmayan matris faktorizasyonu (non-negative matrix factorization – NMF) yöntemi ile büyük çaplı gen/protein verisini birleştirecek bir yaklaşım önerilmektedir. Bu çalışmanın nihai amacı, NMF’i kullanarak bu biyolojik varlıklar arasındaki bilinmeyen ikili ilişkileri tahmin etmektir. Devamında ise, bu varlıkları (proteinler, işlevler ve hastalık girdileri) faktorizasyon işlemiyle üretilmiş az ranklı öznitelik matrislerini kullanarak bilgilendirici ve artıksız niceliksel öznitelik vektörleri olarak sunmaktır. Bu öznitelik matrislerinin gelecekte proteinlerin otomatik anotasyonu veya biyolojik ağ oluşturulması gibi çeşitli veri madenciliği ve makine öğrenmesi uygulamalarında kullanılması hedeflenilmektedir.

Tarih: 30.01.2020 / 15:30 Yer: A-212

Çalışmalar göstermiştir ki tekil amino asit değişiklikleri proteinlerin dizi, yapı ve işlevlerini değiştirerek pek çok hastalığa sebep olmaktadır. Ancak, bu değişiklikleri manuel olarak sınıflandırma ve karakterize etme hızı, halihazırda üretilen verinin hızına erişememektedir. Bu sebeple, bu işlemi kolaylaştırmak adına bilgisayar tabanlı uygulamalar geliştirilmekte ve yeni veriler üzerinde uygulanmaktadır. Bu çalışmada biz, sinonim olmayan tekli nükleotid değişikliklerinin amino asit seviyesinde gösterdikleri etkiler hakkındaki bilgileri çeşitli veri tabanlarından toplamak ve organize etmek, bu bilgiyi sonuçları bilinmeyen tekli nükleotid değişikliklerinin proteine zarar verme potansiyellerini gözetimli makine öğrenmesi sistemi kullanarak tahmin etmek için bir metodoloji sunuyoruz.

Tarih: 30.01.2020 / 14:00 Yer: A-212

Sorafenib, hepatosellüler kanser tedavisindeki FDA onaylı hedeflenmiş ajanlardan biridir. PI3K/AKT yolağı primer (birincil) karaciğer kanserinin yaklaşık % 50'sinde değiştirilir, bu yüzden Sorafenib ve PI3K/AKT yolağı inhibitörlerinin sinyal verme seviyesinde nasıl etki ettiğinin anlaşılması, hedefe yönelik terapiler için çok önemlidir ve yan etkilerini (hedef dışı etkiler) ortaya çıkarır. Bu çalışmada biz yedi farklı ilaç/inhibitör ve onların kombinasyonu ile tedavi edilen hepatoselüler karsinom hücrelerinin (Huh7 ve Mahlavu) gen ekspresyon profillerini kullanıyoruz. Amacımız, bir ilaç tedavisindeki önemli hedefleri ve modülatörleri moleküler etkileşimlerin düzensizliğini anlayarak ortaya çıkarmaktır. Başka bir deyişle, biz ilaçların etki mekanizmasını genler listesinin haricinde bir ağ kaynağında araştırıyoruz.

Tarih: 13.01.2020 / 14:00 Yer: A-108

Fenoloji vektörleri arasındaki açısal mesafeye göre bükme gerçekleştiren vektör dinamik zaman bükme algoritması geliştirilmiştir. Testler, önerilen VDTW yönteminin farklı tarım uygulamalarını, iklim ve atmosferik etkileri ve yıllar arasındaki ölçüm hatalarını telafi eden zamansal ve spektral değişimlere karşı gürbüz olduğunu göstermektedir. Ayrıca, sınırlı veri ile yüksek sınıflandırma doğruluklarına izin veren optimal zaman penceresini belirlemek için bir yöntem de geliştirilmiştir. Testlerde, 2013-2015 yılları arasında Harran Ovası’nda pamuk ve mısır, Bismil Ovası’nda mısır, pamuk ve soya fasülyesi ürünlerini içeren zaman serisi Landsat 8 uydu görüntüleri kullanılmıştır. Bunun yanında, 2017 ve 2018 yıllarında ABD, Kansas'taki VDTW mısır ve soya fasulyesini Harmonize Landsat Sentinel (HLS) verileriyle testler gerçekleştirildi.

Tarih: 15.01.2020 / 14:00 Yer: Konferans Salonu-1

Bu tez 3 adet göz izleme uygulamasından oluşmaktadır. Bu uygulamaların amacı, kullanıcıların göz hareketlerini izleyen bir iletişim sistemi oluşturmaktır.

Tarih: 14.01.2020 / 16:00 Yer: A-212

Face-to-face conversation implies that interaction should be characterized as an inherently multimodal phenomenon involving both verbal and nonverbal signals. Gaze is a nonverbal cue that plays a key role in achieving social goals during the course of conversation. The purpose of this study is twofold: (i)to examine gaze behavior (i.e., aversion and gaze on face) and relations between gaze and speech in face to face interaction, (ii)to construct computational models to predict gaze behavior using high-level speech features.

Tarih: 13.01.2020 / 10:30 Yer: Konferans Salonu-1