Enstitümüz Bilişim Sistemleri Anabilim Dalı doktora programı mezunu Gökçen Yılmaz, “Prof. Dr. Mustafa Parlar Eğitim ve Araştırma Vakfı 2017-2018 öğretim yılı ODTÜ Yılın Tezi Ödülü” nü aldı.
Konu: Algorithmic Therapeutic Oncology
Konuşmacı: Dr.Murat Çobanoğlu ( UT Southwestern, Lyda Hill Department of Bioinformatics, Texas, USA )
Düzenleyen: Sağlık Bilişimi Anabilim Dalı
Tarih: 24 Aralık 2018, Pazartesi 11:30
Yer: Enformatik Enstitüsü 1 nolu Sınıf
Abstract: The cost of discovering a new drug has doubled every 9 years to reach more than $2bn per new molecular entity today. The high cost reflects the high rate of failure: only about 10% of all drug candidates in clinical trials get approved. Oncology has the worst success rate among all areas, standing at only 5.1%. Consequently, most new cancer drugs cost in excess of $100k per year per patient, making access to therapy difficult. We want to change that. We think that the solution lies in using clinically relevant assays to replace the reductionist high throughput preclinical assays. The lower throughput of more advanced assays necessitates three or four orders of magnitude reduction in the number of experiments. We propose that large scale public data and machine learning are necessary and sufficient to deliver the required efficiency gain. I will discuss our preliminary results in (i) single cell RNA-seq classification, and clustering using Bayesian Pólya discriminant analysis and Pólya mixture models, (ii) differential TF activity inference using graph constrained fused lasso regularized linear models, (iii) cancer lineage-specific vulnerability identification and exploitation. I will also present one early success story in the form of a drug candidate that specifically kills BRAF WT melanoma, and not normal skin cells or normal immune cells. Drug name and chemical structure will be confidential.
Bio: Murat Can Cobanoglu studied Computer Science & Engineering (major) and Mathematics (minor) in Sabancı University from 2004 to 2008. He then obtained a master’s degree in Computer Science and Engineering also in Sabancı University, between 2008 and 2010, where he worked on the classification of GPCRs using family specific motifs. He received his Ph.D. degree from the Carnegie Mellon University – University of Pittsburgh Joint Ph.D. Program in Computational Biology under the supervision of Ivet Bahar, Ph.D. and D. Lans Taylor, Ph.D. where he worked on computational drug-target interaction prediction and applications in alpha1-antitrypsin deficiency and Huntington’s disease. He then joined the UT Southwestern Medical Center Lyda Hill Department of Bioinformatics as the inaugural UT Southwestern Distinguished Fellow. Outside of work, he is proud to be an épéeist as well as a member of and a frequent visitor to the Dallas Museum of Art.
|
Organizasyonlar arası süreç madenciliği, farklı organizasyonlarda aynı görevleri yerine getiren süreçler arasındaki benzerlik ve farklılıkların ortaya çıkarılmasını amaçlar. Elde edilen sonuçlar farklı organizasyonlar arasında işbirliğini oluşturmak ve geliştirmek için kullanılabilir. Bununla birlikte, bu ek işlevsellik organizasyonlar arasında ortaya çıkan değişkenliklere çözüm bulma zorunluluğunu da ortaya çıkarır. Bu çalışmada dizi hizalama tekniğini adapte edilerek, organizasyonlar arası süreçsel benzerlikler ölçülüp ilgili alternatifler arasındaki komşuluklar süreç aile ağacı üzerinden görselleştirilir. Hizalama sonucu eşleşen bölgeler, süreç davranışları bağlamında organizasyonlar arasında fonksiyonel bir benzerliğe işaret eder. Tarih: 17 Aralık 2018 |
|
|
Konu: İnsan-Robot Etkileşimi Sempozyumu
Tarih: 13 Aralık 2018
Yer: Ural Akbulut Konferans Salonu
Enformatik Enstitüsü Sağlık Bilişimi ABD öğretim üyesi Doç. Dr. Nurcan Tunçbağ, 2018 yılı UNESCO-L'Oréal Ulusal Genç Bilim Kadınlarına Destek Bursu'nu kazandı.
Bilişsel Bilimler EABD Yüksek Lisans Programı öğrencisi Borabay Kadirdağ, "ÜNİVERSİTE ÖĞRENCİLERİNİN SINAV PERFORMANSINDA BİLİŞSEL YENİDEN DEĞERLENDİRME VE DIŞAVURUMCU BASTIRMANIN ETKİSİ" konulu tezini, 26 Kasım 2018 tarihinde saat 11:30'da A-212 no.lu toplantı salonunda savunacaktır.
Tez Özeti : Bu tezin amacı, bilişsel yeniden değerlendirme ve dışavurumcu bastırmanın Türk üniversite öğrencilerinin sınav performansları üzerine etkisini incelemektir. Bu çalışma; bilişsel yeniden değerlendirmeyi duygulara yol açan bilişsel anlamlandırma olarak tanımlayan (Lerner, Li, Valdesolo, & Kassam, 2015) ve Lerner ve Keltnere (2000) ait olan değerlendirme eğilimi taslağı temel alınarak yapılmıştır. Öte yandan dışavurumcu bastırma, bireylerin yüzle ilgili açığa vurumları maskeleyerek duygu durumlarını saklamak için kullandıkları bir duygu kontrol metodu (Niedenthal, P. M., Ric, F., & Krauth-Gruber, S. 2006) olarak tanımlanmıştır. Öğrencilerin bu iki duygu kontrol kabiliyeti temel alınarak, stresli bir sahneye sahip bir videoyu izlemeden önce ve izledikten sonra endişeye gösterdikleri duygusal tepkileri, duygu kontrol kabiliyetleri ile sınav performansı arasında bir ilişki olup olmadığını bulmak için ölçülmüştür. Sınav Stresi Anketi (Nist & Diehl, 1990) temel alınarak, 63 tane orta seviye sınav stresine sahip öğrenci katılım göstermiştir. Duygu kontrol kabiliyetlerinin sonuçları, sınav performansında dışavurumcu bastırmanın önemli bir etkisi olduğu gözlemlenmiştir. Duygularını daha az bastıran öğrenciler, dönem başı ve sonundaki sınavları doğrultusunda puanlarını yükseltebilmektedir. PANAS skorları doğrultusunda ölçülen tepkiler ise, duygu kontrol kabiliyetleri arasında, sınav performansı üzerinden, kayda değer bir fark göstermemiştir. Anahtar kelimeler: duygu, sınav stresi, değerlendirme eğilimi
Bilişim Sistemleri EABD Yüksek Lisans Programı öğrencisi Burak Ünaltay, "GÖRÜNTÜ İŞLEME UYGULAMALARI İÇİN DÖNÜŞÜMSEL GÖMÜLÜ YAZILIM MİMARİSİ" konulu tezini, 14 Kasım 2018 tarihinde saat 14:00'da B-116 no.lu toplantı salonunda savunacaktır.
Tez Özeti : Gerçek zamanlı görüntü işleme çoğu zaman oldukça kısıtlayıcı sınırlamalara tabidir. Gömülü donanımlar oldukça sınırlı hafızaya sahiptirler, düşük işlemci güçleri vardır ve düşük güç tüketimine sahip olmaları gereklidir. Fakat bu sınırlamalar performanstan ödün vermeye mazeret olamaz, çünkü bu alandaki uygulamalar üst düzey askeri sistemler, sınır güvenliği, tıbbi uygulamalar ve bunun gibi performansın kritik olduğu alanlar için geliştirilmiştir. Ne yazık ki, bunlar gibi sistemlerde kullanılan görüntü işleme algoritmalarının çoğu gömülü dünyanın limitli sınırları için geliştirilmemiştir. Durum bu iken, yüksek düzeyli dillerde(matlab, python vb..) yahut kod taslağında yazılan görüntü işleme algoritmalarını gömülü ortamlar için daha uygun olan düşük düzeyli dillere(c++, c, assembly) çeviren bir metodolojiye ihtiyaç vardır. Bu çalışmada, bu amaçla kullanılan mevcut yazılım geliştirme yöntemleri incelenecek ve yukarıda belirtilen problemlere çözüm olarak gömülü bir yazılım mimarisi önerilecektir.
Bilişsel Bilimler EABD Yüksek Lisans Programı öğrencisi Dilek Deniz Bilgiç, "OKUL ÖNCESİ ÇOCUKLARIN HİKAYE KURGULAMALARI VE KURGUSAL HİKAYELERDE GÖSTERİMSEL TERİM KULLANIMLARI" konulu tezini, 14 Kasım 2018 tarihinde saat 10:00'da A-108 no.lu toplantı salonunda savunacaktır.
Tez Özeti : Deiktik değişim teorisi, bir ifadeyi yorumlamak için deiktik terimlerin kullanılmasının ve konuşmacıya göre deiktik merkezin değişmesinin gerektiğini öne sürer. Bu çalışmada Türkçe konuşan okul öncesi çocuklarının kurgusal anlatıları ile Deiktik merkez ve Deiktik değişim teorisi içerisinde hikaye dünyası bağlamını oluşturmak için kullandıkları deiktik terimler araştırılmıştır. Bu amaç için, 3;6 ve 6 yaşları arasındaki 47 okul öncesi çocuğun resimli bir kitabı hikâyeleştirdikleri anlatıları incelenmiş ve 23 yetişkinin hikayesiyle karşılaştırılmıştır. Daha küçük çocuklar daha gösterici bir ifadeyle, hikaye bağlamına kıyasla resimli kitaba odaklanıp buna uygun deiktik gösterici terimler kullanmışlardır. Ayrıca zaman belirten deiktik terimleri yetişkinlerden daha az sıklıkla kullanmışlardır ve bu da zamansal terimlerin hikaye kurgulama yeteneğinin yanında geliştiğini göstermektedir. Genel olarak sonuçlar; anlatı gelişiminin, gerçek dünya bağlamında kullanılan dilin hikaye dünyası bağlamındaki değişimi ile deiktik ifadelerin psikolojik yakınlığı belirtmedeki gelişimi ile paralel gittiğini göstermektedir.
Sevgili Öğrencilerimiz,
2018-2019 Eğitim Öğretim Yılı 1.Döneminde programa yeni kabul edilen ve kayıt yaptıracak öğrencilerimiz ile tanışma ve bilgilendirme toplantısı yapılacaktır.Toplantı bilgileri aşağıda belirtilmiştir.
Bilişim Sistemleri Doktora ve Yüksek Lisans Programları
26 Eylül 2018 Çarşamba günü saat 10.00'da II-04 numaralı sınıf
Siber Güvenlik Tezsiz Yüksek Lisans Programı
26 Eylül 2018 Çarşamba günü saat 10.00'da II-05 numaralı sınıf
Bilişsel Bilimler Doktora ve Tezsiz Yüksek Lisans Programları
26 Eylül 2018 Çarşamba günü saat 10.00'da II-03 numaralı sınıf
Sağlık Bilişimi Doktora, Yüksek Lisans ve Biyoenformatik Yüksek Lisans Programları
26 Eylül 2018 Çarşamba günü saat 10.00'da II-02 numaralı sınıf
Çoklu Ortam Bilişimi YL Programı
26 Eylül 2018 Çarşamba günü saat 10.00'da II-01 numaralı sınıf
Toplantıya katılacak öğrencilerimiz; tarafımızca temin edilecek olan aşağıda isimleri belirtilen formları, idari danışmanları ile birlikte aynı gün içinde dolduracaklardır.
Öğrenci Bilgi Formu
Öğrenci Not formu
Bilimsel Hazırlık Formu
Yukarıda bildirilen formları eksiksiz doldurabilmek için öğrencilerimiz aşağıda belirtilen belgeleri toplantıya getirmeleri gerekmektedir.
1 Adet vesikalık resim
1 Adet Transkript (Doktora öğrencileri için Lisans ve Yüksek Lisans Transkripti)
* Toplantıya katılımın zorunlu olduğunu belirtir, programa kabul edilen öğrencilerimizi kutlar, kendilerine başarılar dileriz.
