Yeni nesil omik teknolojiler, hastalık durumları, hastalar ve ilaç değişiklikleri gibi farklı biyolojik bağlamlar hakkında moleküler bilgi vermek için ağ tabanlı bağlamsallaştırma yöntemlerini kullanır. Başlangıçta bu tez, bağlamsallaştırmadaki eksik noktalar, omics veri kümelerindeki gizli bilgiler, referans ağlarındaki sapmalar ve yüksek düzeyde bağlantılı düğümler veya hub'larla gürültülü etkileşimler gibi zorlu sorunları tanımladı. Devamında da, bu zorlukların üstesinden gelmek için  pyPARAGON'u (çoklu Omic veri entegrasyonu için Graphlet kılavuzlu ağ üzerinde PAgeRANk-flux) geliştirdik. Ayrıca özgün bir araç olan pyPARAGON, hastaya özel ağları yeniden çıkartarak ve meme kanseri ve otizm spektrum bozuklukları gibi karmaşık hastalıkları modelleyerek karmaşık hastalıkları bağlamsallaştırdı.

Tarih: 22.01.2024 / 14:00 Yer: A-108

Makine öğrenimi algoritmalarının (özellikle derin öğrenmede) sağladığı etkileyici başarılara rağmen, değiştirilmiş girdi verileri tarafından kolaylıkla kandırılabilirler. Yanıltıcı saldırılar, makine öğrenimi modellerini ciddi şekilde hedef alır. Yanıltıcı eğitim, yanıltıcı saldırılara karşı etkili bir yöntemdir ancak ağ datası özellikleri nedeniyle bu yöntem uygun değildir. Bu tezde, otomatik kodlayıcının yeniden yapılandırma hatası, düşmanca saldırıların tespiti için kullanılmıştır. IDS modeli RAIDS önerilmiştir ve düşman saldırılarına karşı etkili sonuçlar elde etmiştir.

Tarih: 17.01.2024 / 14:00 Yer: A-108

Küresel iklim değişikliği, değişen meteorolojik faktörlerden ve su kullanımından etkilenen göl seviyesi dalgalanmalarına neden olmaktadır. Girdi veya çıktı değişiklikleri su dengesi denklemini hızla etkiler. Bu çalışma, iklimsel ve hidrolojik değişkenler için tahmin modellerini araştırmakta ve bunların göl su seviyesi ve su kalitesi ile korelasyonlarını değerlendirmektedir. Kullanılan çeşitli algoritmalar içerisinde (Naïve Yöntem, YSA ve RNN) LSTM, RMSE'ye göre doğrulukta üstünlük sağlamıştır. Naïve Yöntemi ile yapılan karşılaştırmalar, özellikle ileriki zaman periyotlarında YSA ve RNN'nin tahmin başarısını doğrulamaktadır. Sıcaklık ve buharlaşma ile yapılan korelasyonlar bu parametrelerin göl suyu kalitesi etkilerini vurgulamaktadır. Modeller ve metrikler su yöneticileri için bir karar destek aracı oluşturmaktadır.

Tarih: 19.12.2023 / 13:30 Yer: A-212

Yüksek mutasyon oranlarına ve genetik çeşitliliğe sahip organizmalar için binlerce genomun tamamını işleyebilecek özgün dizilerin tanımlanmasına yönelik etkili ve ölçeklenebilir bir yöntem geliştirdik. Termodinamik, oldukça farklı üç virüs üzerinde test edilen yöntemimizin ana itici gücüdür. Bulunan oligonükleotidler, 1657 HCV genomunun %99,9'unu, 11838 HIV genomunun %99,7'sini ve 4016 Dang humması genomunun %95,4'ünü tanımlayabilmektedir. Ayrıca HCV'nin 1-6 genotipleri ve Dengue virüsünün 1-4 genotipleri üzerinde >%99,5 gerçek pozitif ve <%0,05 yanlış pozitif oranıyla alt tür tanımlamasını da gösteriyoruz. Gelişmiş yöntemlerin hiçbiri bu performansı sağlayamamaktadır

Tarih: 11.09.2023 / 17:00 Yer: A-212

Genomdaki varyantların çoğu kodlamayan bölgededir. Kodlayan bölgedeki değişiklikler proteini etkilerken, kodlamayan bölgedeki değişiklikler düzenleyici mekanizmayı etkiler. Bu nedenle kodlamayan varyasyonların gözlemlenmesi, gen ekspresyonunu etkileyen varyasyonların belirlenmesini sağlayabilir. eQTL, gen ifadesine etki eden SNP'lerin belirlenmesi amacıyla kullanılan popüler bir yöntemdir. Somatik SNP'ler ile gen ifadesi arasındaki ilişkiyi eQTL analizine dayalı olarak anlamak için python tabanlı, kullanımı kolay bir araç uyguladık.

Tarih: 11.09.2023 / 14:00 Yer: A-212

Bu çalışmada ortak hareket esnasında sinirsel aktivasyondaki değişimler “hyperscanning” yani hipertarama denilen yöntemle incelenmiştir ve bunun için katılımcılar aynı görevi yalnız yapıp sonra bir ikili olarak ortaklaşa hareket ederlerken fonksiyonel yakın kızılötesi spektroskopi (fNIRS) ve elektroensefalografi (EEG) ile kayıt alınmıştır. Altmış iki katılımcı ikililer halinde n-geri görevinin ikili versiyonu ile test edilmiştir. Sonuçlar sosyal kolaylaştırma modelini destekler niteliktedir ve hipertarama dahil sinirsel ölçümler bireysel ve sosyal görev durumlarını ayırt etmede başarılı olmuştur. Bu çalışma fNIRS ve EEG ile hipertarama yaparak zaman sınırlaması ve uzamsal mantık yürütme içeren karmaşık bir işbirliği görevini inceleyen ilk çalışmalardan birisidir.

Tarih: 05.09.2023 / 11:00 Yer: A-212

Bu çalışma, dünya genelinde büyüyen bir araştırma alanı olan Fonksiyonel Yakın Kızılötesi Spektroskopi (fNIRS) alanının disiplinler arası ve kurumsal işbirliği yönünden bibliyometrik bir haritasını sunmayı amaçlamaktadır. Disiplinler arası ve kurumların işbirliği ile yapılan çalışmalar, akademik olarak yüksek atıf etkisine sahip oldukları için üniversiteler tarafından giderek daha fazla teşvik edilmektedir. Bu çalışmada 1980'den 2020'ye kadar fNIRS alanında yapılan makale sayısı, alıntı sayısı, CNCI ve IREW yüzdesine bakılmıştır. Bu akademik göstergeleri artırabilecek disiplinler arası ve üniversite & ülke işbirlikleri bibliometrik bakış açısı ile incelenmiştir.

Tarih: 11.09.2023 / 10:30 Yer: -

Bu doktora tezi, seçici yönlü işitsel dikkatin göz hareketleri ve göz bebekleri tepkileri üzerindeki etkisini incelemektedir. Tek kulak uyarıcılarına odaklanmanın dikkati ve görev performansını artırdığı gösterilmiştir. Araştırma, çoklu konuşmacının konuşma girişiminin, yaşın, cinsiyetin ve ses yönünün göz hareketleri ve gözbebekleri genişlemesi üzerindeki etkilerini araştırmaktadır. Özellikle müdahale gözbebeklerini etkiler, katılımcıları ses kaynaklarına doğru bakmaya yönlendirir ve rekabet eden konuşmacılar sırasında katılımcılar daha büyük göz bebekleri gösterir, bu da çalışmanın önemini vurguluyor. Bu bulgular, işitsel dikkat nüanslarını anlamada göz hareketi desenleri ve göz bebeği ölçümlerinin değerini ortaya koymaktadır. Sonuçlar, işitme yardımı teknolojisine, otizm spektrum bozukluğu ve işitme engelli bireyler için iletişime büyük etki edebilir. Çalışma ayrıca konuşma kalitesi, kelime aşinalığı ve duygusal çağrışımlar ile göz bebeği tepkileri arasındaki bağlantıları ortaya çıkararak işitsel süreçlerin kapsamlı bir şekilde anlaşılmasına katkıda bulunmaktadır.

Tarih: 06.09.2023 / 10:00 Yer: A-212

Bu çalışma, insansız hava araçları üzerinde, yüksek gürültüye rağmen, silah atışının fark edilmesi ve yönünün belirlenmesini hedeflemektedir. Dizi Bağlılaşım Haritası yaklaşımı, bir dizideki sensörlerin hemfikirliğinden avantaj sağlama yöntemi olarak ortaya atılmıştır. Ayrıca, avantajlı CWT ölçeklerine otomatik odaklanmayı sağlayan bir yöntemin anlık değişen sinyal frekanslarını ön plana çıkarmayı sağladığı görülmüştür. Sonuç kısımlarında, sinyal-gürültü-oranı iyileşmesi, namlu atışı ve şok dalgasının başarıyla tespiti ile yön belirleme başarım iyileşmesi sunulmaktadır.

Tarih: 04.09.2023 / 10:00 Yer: A-212

Proteinlerin nasıl çalıştığını anlamak için önemli olan allosterik protein düzenlemesini incelemek için yeni bir yöntem geliştirildi. Yöntem, proteinleri ağlar olarak temsil eder ve allosterik bölgelerin varlığını ve yerini tahmin etmek için moleküllerin bağlandığı ve protein aktivitesini düzenlediği allosterik yolları veya bölgeleri tanımlar. Bu yöntem potansiyel olarak hedefe yönelik tedavilerin geliştirilmesine yardımcı olabilir.

Tarih: 28.07.2023 / 10:00 Yer: A-212