PhD Thesis

Ph.D. Thesis

Ayhan Serkan Şık, Türkiye’deki Genetik Bilgi Değişimi Kodlama Standartları için Kavramsal Bir Tasarım

Türkiye'de, kapsamlı ve birincil sağlık harcamaları, Genel Sağlık Sigortası kapsamında Sosyal Güvenlik Kurumu tarafından sağlanmaktadır. 2003 yılında Sağlık Bakanlığı, “Sağlıkta Dönüşüm Programı”nı başlatmış ve birlikte çalışabilir sağlık veri alışverişi standartlarını uygulamaya koymuştur. Sağlık Bakanlığı, tüm sağlık hizmeti sağlayıcılarında oluşturulan tıbbi verilerin kodlanmış, yapılandırılmış ve elektronik biçimde toplanmasına odaklanmaktadır. Bunun aksine, genetik test sonuçları devlet ve özel sağlık hizmeti sağlayıcıları arasında metinsel ve yapılandırılmamış bir biçimde paylaşılmaktadır. Bu tezde, genetik veri takaslamasındaki darboğazları sunarak, Türkiye Elektronik Sağlık Kayıtları için anlamlı genomik veri alışverişi amacıyla kavramsal bir model ortaya koyuyoruz.

Tarih: 24.07.2023 / 17:00 Yer: A-108

Turkish

Utku Can Kunter, Türkçe Türetim Morfolojisinin Bayes Ağları ile Modellenmesi

Türkçe yapım eklerinin ve psikodilbilim literatürünün geniş bir incelemesine dayanarak, yapım eklerinin 3 hiyerarşik seviyede temsil edileceği yeni bir yapı önerilmektedir. Bu seviyeler bölümleme, sözcük seçimi ve türetmedir. Bu öneri, türetim morfolojisinin geleneksel biçimbilgisel yapısının üzerine uyumlamaya izin veren bir yapının yerleştirilmesini kapsamaktadır. Bu yeni yapı esas alınarak ve Bayes ağları yöntemi kullanılarak bir hesaplama modeli geliştirilmektedir. Modelin hesaplamalı bir uygulaması oluşturulmakta, yeni sözcükleri isabetli şekilde temsil ettiği, yeni ekleri beklenen şekilde öğrendiği ve tüm unsurların belirginliğini istatistiksel olarak takip ettiği gösterilmektedir. Gerçekçi gözlem listeleri kullanılarak modelin psikodilbilim alanındaki gözlemlerle uyuşan tahminler yaptığı ortaya konmaktadır.

Tarih: 21.07.2023 / 11:30 Yer: A-212

Turkish

Görkem Polat, Ülseratif Kolit Endoskopik Aktivitesinin Bilgisayar Yardımı ile Tahmin Edilmesi

Bu tez, endoskopik görüntülerde Evrişimsel Sinir Ağları kullanılarak Ülseratif kolitin (ÜK) otomatik olarak şiddetini değerlendirmesi için Sınıf Mesafe Ağırlıklı Çapraz Entropi (SME-ÇE) adlı yeni bir kayıp fonksiyonu tanıtmaktadır. SME-ÇE, sınıflar arasındaki sıralı ilişkileri dikkate alır ve farklı ölçüm teknikleri ve mimarilerde diğer kayıp fonksiyonlarını geride bırakmaktadır. Ayrıca, model tahminlerinin açıklanmasına yardımcı olarak sınıf etkinlik haritalarının kesinliğini artırır. Yaklaşımın farklı alanlarda da uygulanabilirliği, diyabetik retinopati veri seti üzerinde yapılan başarılı testlerle doğrulanmıştır. Çalışma aynı zamanda kamuya açık en büyük ÜK görüntü veri setini de oluşturmaktadır.

Tarih: 17.07.2023 / 12:30 Yer: A-212

Turkish

Umut Çınar, H&E Boyalı Histopatoloji Görüntülerinden Hepatosellüler Karsinom Tespiti İçin Hiperspektral Görüntüleme Ve Mikroskop Entegrasyonu

Bu çalışmada, bir ışık mikroskobu ile entegre bir hiperspektral görüntüleme sistemi (HSI) kullanarak Hepatosellüler Karsinom (HCC) sınıflandırması için yeni bir yöntem tanıtılmaktadır. Bu yöntem, robust bir sınıflandırıcı eğitmek için Evrişimli Sinir Ağları (CNN'ler) içindeki 3D evrişimlerden faydalanır, otomatik olarak benzersiz spektral ve mekansal özellikleri yakalar. Yaklaşım, ayrıca veri kümesindeki sınıf dengesizliğini, aşırı uydurmayı önleyen bir odak kayıp fonksiyonunu kullanarak ele alır. Sonuçlar, hiperspektral verinin karaciğer kanseri dokusu sınıflandırmasında RGB verisini aştığını ve geliştirilmiş spektral çözünürlüğün doğruluğu artırdığını gösterir ve etkili kanser dokusu sınıflandırması için hem spektral hem de mekansal özelliklerin önemini vurgular.

Tarih: 19.06.2023 / 15:45 Yer: B-116

Turkish

Esra Nalbat, Moleküler Ağların Aydınlatılmasıyla Yeniden Konumlandırılan İlaçlar ve Yeni Küçük Moleküllerlerin Hepatosellüler Karsinom Hücreleri ve Kök Hücrelerinde Etkili Yeni Terapötikler Olarak Ortaya Çıkarılması

Hepatoselüler karsinom (HSK), yüksek ölümcüllüğe sahip bir tür primer karaciğer kanseridir ve daha iyi tedavi seçeneklerine ihtiyaç bulunmaktadır. Bu tez kapsamında, in siliko modelleme ve in vivo deneylerle ilaç dirençli HSK hücrelerine ve kanser kök hücrelerine yönelik umut vadeden birkaç ilaç ve ilaç kombinasyonunu belirlenmiştir. Sunitinib ve Klorokin kombinasyonunun, HCC hücrelerinde sinerjistik sitotoksik etkiye sahip olduğu tespit edilirken, aynı zamanda yeni izoksazol-piperazin bileşiklerinin de HCC hücreleri ve kanser kök hücreleri üzerinde biyoaktiviteler gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma ile HCC için yeniden konumlandırılmış ilaçlar ve yeni bileşiklerin ilaç adayları olarak potansiyelini vurgulayan önemli bulgular sunmaktadır.

Tarih: 24.04.2023 / 10:30 Yer: A-212

Turkish

Sabri Can Ölçek, Parkinson Hastalığında Bradikinezinin Yüz Görüntüleri ve EMG Kayıtları Kullanılarak Sayısallaştırılması

Bu çalışmada yüz görüntüleri ve EMG kayıtları kullanılarak hesaplamaya dayalı yeni bir değerlendirme yöntemi geliştirilecektir. Geliştirilecek yöntem ölçülebilir, tekrarlanabilir ve normal bir bilgisayar veya cihazda otonom olarak çalıştırılması kolay olacaktır.

Tarih: 07.04.2023 / 11:00 Yer: A-212

Turkish

Ali Gökalp Peker, Hiperspektral ve Lidar Verisi ile Arazi Sınıflandırması

Bu tez çalışmasında, bir mimari oluşturma çerçevesi önerdiğimiz ve bunun etkili bir arazi sınıflandırma modeli oluşturmak için nasıl kullanılabileceğini gösterdiğimiz etkin bir ağ mimarisinin yapım yöntemine odaklanıyoruz. Ayrıca, HSI ve LiDAR'daki arazi örtüsü eğitim veri setlerinin gölge etkilerine sahip eğitim örnekleri sağlamada yetersiz kalma eğiliminde olduğunu da gözlemliyoruz. Bu sınırlamayı ele almak için, ayrıca sentetik eğitim örnekleri üreten ve deneysel sonuçlarımızda etkinliğini gösteren üretken bir düşman ağı (GAN) güdümlü istatistiksel veri artırma tekniği öneriyoruz.

Tarih: 26.01.2023 / 14:30 Yer: A-108

Turkish

Ferhat Kutlu, Türkçe Söylem Bankasında Söylem Bağıntılarının Belirlenmesi

Bu tez, (i) etiketlenmiş ve ayrıştırılmış söylem bağıntıları üzerinde denetimli öğrenme ile eğitilebilecek, (ii) uçtan uca bir sığ söylem ayrıştırma sistemi oluşturmayı kolaylaştıracak, (iii) düşük kaynaklı diller için söylem bağıntılarını otomatik tespit etmeye yönelik örnek bir model oluşturacak yeni bir mimari oluşturma araştırmalarını açıklamaktadır. Önceden eğitilmiş dil modelleri tarafından üretilen bağlama dayalı metin sayısallaştırılması yöntemine dayalı modern sinir ağı yaklaşımımız, söylem bağıntısı gerçekleşme türlerinin tanımlanması ile açık ve örtük ilişkilerin duyu sınıflandırması şeklinde sıralanan sığ söylem ayrıştırmanın iki alt görevini başarıyla gerçekleştirmiştir. Ayrıca, çok dilli veri toplamanın, Diller Arası Transfer Öğrenme deneyleri yoluyla, söylem bağıntısı türünün sınıflandırılmasına etkisi de araştırılmıştır.

Tarih: 25.01.2023 / 10:00 Yer: A-108

Turkish

Utku Can Kunter, Türkçe Türetim Morfolojisinin Bayes Ağları ile Modellenmesi

Türkçe yapım eklerinin ve psikodilbilim literatürünün geniş bir incelemesine dayanarak, yapım eklerinin 3 hiyerarşik seviyede temsil edileceği yeni bir yapı önerilmektedir. Bu seviyeler bölümleme, sözcük seçimi ve türetmedir. Bu öneri, türetim morfolojisinin geleneksel biçimbilgisel yapısının üzerine uyumlamaya izin veren bir yapının yerleştirilmesini kapsamaktadır. Bu yeni yapı esas alınarak ve Bayes ağları yöntemi kullanılarak bir hesaplama modeli geliştirilmektedir. Modelin hesaplamalı bir uygulaması oluşturulmakta, yeni sözcükleri isabetli şekilde temsil ettiği, yeni ekleri beklenen şekilde öğrendiği ve tüm unsurların belirginliğini istatistiksel olarak takip ettiği gösterilmektedir. Gerçekçi gözlem listeleri kullanılarak modelin psikodilbilim alanındaki gözlemlerle uyuşan tahminler yaptığı ortaya konmaktadır.

Tarih: 25.01.2023 / 12:00 Yer: A-108

Turkish

Fatih İleri, Fizyolojik Sinyallerin İşlenmesi Aracılığıyla Orkestra Yönetiminin Sembolik Sekanslarla Temsil Edilmesi

Orkestra şefliği, enstrümanlar müzisyenlerin kendileriymiş gibi bir müzik parçasının çalınışı üzerinde gerçek zamanlı ayarlamalar yapma sanatıdır. Orkestranın şef komutlarına verdiği yanıtlar, bir müzik parçası çalınırken şefin hareketlerini etkiler. Dolayısıyla şef ve orkestra arasında önemli ölçüde bilgi akışı vardır. Bu tezde orkestra şefi, orkestra ve notalar arasındaki nedensellik ilişkilerine odaklanılmıştır. Gerçek bir orkestra pratiğinden veri toplanmış ve toplanan veriler Transfer Entropy yöntemi kullanılarak nedensellik ölçümleri için işlenmiştir. Yöntem, şef komutlarının denetimsiz tespiti için de kullanmıştır.

Tarih: 20.01.2023 / 10:00 Yer: A-108

Turkish

Pages

Subscribe to RSS - PhD Thesis